Säuberung der Quelltexte und Verbesserungen im Backend
4.1. Aktualisierung auf GTK+ 2.10
Ab Version 2.16 basiert GNOME auf GTK+ 2.10, um so die zahlreichen Verbesserungen zu nutzen, die durch das
Einige der offensichtlichsten dieser Vorteile für GNOME-Benutzer, sind die neuen Druckfunktionalitäten von GTK+ 2.10. Diese stellen eine plattformunabhängige API bereit, GtkPrintOperation, und enthält außerdem einen neuen Druckdialog. Eine UNIX-nahe API ist außerdem verfügbar, die derzeit CUPS und lpr zum Drucken unterstützt.

Viele GNOME-Anwendung wurden bereits an die neuen Druckfunktionalitäten angepasst, wie z.B. der Dokumentenbetrachter Evince, der Internet-Browser Ephiphany und das Hilfesystem Yelp.
Der Wechsel führt außerdem dazu, dass die zuvor genutzten Bibliotheken libgnomeprint und libgnomeprintui veraltet sind: externe Projekte werden angehalten die neuen Funktionen von GTK+ 2.10 zu benutzen.
Eine weitere wichtige Verbesserung, die mit GTK+ 2.10 Einzug hält, ist die neue API GtkRecent: diese verwaltete eine zentrale Liste der zuletzt geöffneten Dateien und Dokumente. Unter den GNOME-Anwendungen, die diese neue Funktionalität verwenden, sind das Panel, der Datei-Manager (Nautilus), der Dokumentenbetrachter (Evince) und der Texteditor (Gedit).
Auch der Dateiauswahldialog wurde verbessert: das Adresseingabefeld (vorher durch Strgl+L geöffnet), ist nun immer sichtbar und der gesamte Dialog reagiert weiterhin auf Interaktionen, auch wenn aktuell durchgeführte Dateisystemoperationen viel Zeit benötigen.

GTK+ 2.10 stellt den Modus »gtk-touchscreen-mode« bereit, der durch zahlreiche Änderungen GTK+ besser für Touchscreens, die im großen Maße in mobilen und eingebetteten Geräten verwendet werdeb, benutzbar macht.
Viele weitere Verbesserungen die durch GTK+ 2.10 bereitgestellt werden, werden über den gesamten Desktop hinweg genutzt. Zum Beispiel neue Widgets für anklickbare Hyperlinks oder mehrstufige Assistenten, und ein verbessertes Drag'n'Drop in Reiteransichten, das es erlaubt Reiter untereinander oder in andere Reiteransichten zu verschieben oder durch Herausziehen auf den Desktop ein eigenes Fenster zu erzeugen.
4.2. GTK und GNOME - Get Sharp!
GNOME 2.16 bietet nun Sprachanbindungen von GTK+ und GNOME-Bibliotheken für Freunde der Programmiersprache C# (C-Sharp). Dies bedeutet außerdem, dass das Entwickler-Framework Mono eine Voraussetzung dieser GNOME-Anbindungen ist.
Außerdem kann nun Software die in C# geschrieben ist, für die Aufnahme in spätere GNOME-Releases vorgeschlagen werden. Zu beachten ist auch, dass bereits existierende GNOME-Module erneut den Aufnahmeprozess durchlaufen müssen, falls sie zukünftig in Abhängigkeit zu GTK# oder Mono stehen.
4.3. Neues Bug-Buddy-Backend
Das Fehlerwerkzeug von GNOME, Bug-Buddy, verwendet nun ein XML-RPC-Protokoll und verlangt vom Benutzer kein installiertes Sendmail mehr. Als Folge daraus müssen alle Anwendungen, die Bug-Buddy verwenden, die benötigten Informationen in ihren .desktop-Dateien bereitstellen.
Die veraltete Methode einen Fehlerbericht zu erstellen (Sendmail-Methode) wird aber noch für ein Jahr unterstützt werden. Danach können Benutzer alter Versionen von Bug-Buddy keine Fehlerberichte mehr einreichen.
4.4. Unterstützung von Unicode 5.0
GNOME 2.16 ist der weltweit erste Desktop, welcher die Funktionen für die Unicode Character Database (UCD) in Version 5.0 unterstützt, die mehr als 99.000 Zeichen aus allen Sprachen der Welt definiert. Diese Unterstützung ist in die GNOME-Bibliotheken GLib und Pango eingebaut und steht dadurch allen anderen quelloffenen und freien Software-Projekten zur Verfügung, die diese Bibliotheken verwenden.
4.5. Wegfall und weitere Anmerkungen
- Auf Grund der fehlenden Weiterentwicklung wurden die Themen Grand-Canyon, Ocean-Dream, Simple, Smokey-Blue und Traditional entfernt. Daraus folgend fallen auch die Themen-Engines Lighthouseblue und Metal weg.
- Der Bildschirmleser Gnopernicus wurde ersetzt durch Orca.