Les systèmes de type Unix ont traditionnellement manqué d'une manière standard de stocker les données des applications ou de l'utilisateur par utilisateur. Par conséquent, ces données sont souvent stockées sous une forme ad-hoc, incohérente et problématique dans des « dot files » (fichiers dont le nom commence par un point) dans le répertoire personnel de l'utilisateur.
freedesktop.org a donc publié une solution recommandée à ce problème.
En utilisant la spécification de dossiers standards freedesktop.org, plusieurs applications (telles que accerciser, baobab, epiphany, gconf, gdm, gnome-desktop, gnome-keyring, gnome-tweak-tool, gthumb, gtk+, jhbuild, libgnomekbd, mutter, nautilus et planner) améliorent leur compatibilité avec les différents environnements de bureau dans GNOME 3.6.
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