Tradicionalmente, los sistemas Unix no han tenido una manera estándar de almacenar los datos de aplicaciones o del usuario basándose en el usuario. Por lo tanto, estos datos se almacenan habitualmente de manera dedicada, inconsistente y problemática en archivos ocultos en la carpeta principal del usuario.
Es por esto que freedesktop.org publicó una solución recomendada para este problema.
Varias aplicaciones (como accerciser, baobab, epiphany, gconf, gdm, gnome-desktop, gnome-keyring, gnome-tweak-tool, gthumb, gtk+, jhbuild, libgnomekbd, mutter, nautilus, y planner) proporcionan en GNOME 3.6 una compatibilidad transversal en todo el escritorio, heredando la especificación de carpetas de freedesktop.org.
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